Sezona 2015/2016 přinesla opět několik překvapivých výsledků. První z nich se zrodily na úkor Baníku Ostrava a Slovácka. Oba prvoligové týmy skončily svoji pouť už ve druhém kole na hřišti divizních soupeřů. Baník nedokázal přejít přes Rýmařov, Slovácku se stal zase osudný Slavičín. O kolo později se pro změnu se soutěží rozloučila pražská Slavia, jež padla v Ústí nad Labem, Sparta zase odvracela vyřazení s Královým Dvorem v nastaveném čase. Vítězství si podruhé v historii zajistili hráči Mladé Boleslavi, kteří na cestě do finále odklidili i obhajujícího ligového mistra z Plzně, od kterého neinkasovali ve dvou zápasech ani jednu branku. Ve finále se pak svěřencům kouče Jarolíma povedla odveta za rok 2013, když zdolali Jablonec 2:0, a zajistili si tak postup do 3. předkola Evropské ligy. Vůbec poprvé hostily pohárové finále severočeské Teplice.